在带实际I/O的开发计算机上运行FPGA VI时，若FPGA VI停止后又重新开始，LabVIEW将清除FIFO。在FPGA终端上使用交互式前面板通信运行FPGA VI时，若FPGA VI停止后又重新开始，LabVIEW不会清除FIFO。如要在FPGA上清除终端范围或VI定义的FIFO，可使用FIFO方法节点中的清除方法。也可以在项目浏览器窗口中右键单击VI，从快捷菜单中选择下载以清除FIFO。

使用可编程式FPGA接口通信控制FPGA VI时，可使用调用方法函数的“停止”方法从主控VI中清除每个DMA FIFO。也可以使用调用方法函数的重置方法，或勾选了在最后引用时关闭或重置快捷菜单选项的关闭FPGA VI引用函数，清除所有FIFO。除清除FIFO外，重置方法和在最后引用时关闭或重置选项还可完成其它任务。