在支持参考时钟同步的设备上，参考时钟同步是最灵活和强大的同步方法。参考时钟同步可同步设备上的所有时间，即使设备的速率和所在子网不同，只要衍生自参考时钟的时钟开始和保持相对相位一致。衍生时钟的频率如慢于参考时钟，则不能保持相位相对一致。对于计数器操作，参考时钟同步保证了计数器时基保持同步，也就是即使应用程序要求使用不同的计数器时基频率，计数器时基的相位也保持相对一致。

使用参考时钟同步时，设备不直接使用其他设备的时钟作为板载时钟。所有设备都通过一个锁步循环将板载时钟同步为一个共有的参考信号。然后每个设备从同步时钟处获得衍生时钟。必须对衍生时钟共享开始触发，以确保同步。

对于PXI设备，参考信号通常在机箱背板上，频率为10 MHz的时钟(PXI_Clk10)。对于PXI Express设备，参考信号通常在机箱背板上，频率为100 MHz的时钟(PXI_Clk100)。

备注 如有可能，始终使用一个PXI或PXI Express机箱背板时钟。信号从一个设备传输到另一个设备需要一定时间，使用其他设备的时钟会引起偏度。

PXI或PXI Express机箱背板时钟与设备板载时钟提供的精度与设备板载时钟提供的精度可能不同。例如，PXIe-1062Q背板提供25 ppm的时钟精度，PXI-6259设备提供的精度为50 ppm。

对于PCI和PCI Express设备，参考信号是来自其他设备的时钟（通常是10MHzRefClk）。使用参考时钟源属性指定任务参考信号的接线端。将参考时钟源设置为主设备上的板载时钟，绑定板载时钟，而不是直接时钟板载时钟。绑定至板载时钟有助于减少主设备和伺服设备之间的偏度。

参考时钟同步减少了时钟的偏度，但是共享的开始触发必须从主设备传输到伺服设备，从而产生偏度。有些设备可纠正偏度。

部分设备使用主时基，而非参考时钟，所以设备会使用主时基同步。参考时钟同步要求共享信号，并预留多条RTSI或PXI触发线用于这些信号。对于设备速率相同的采样时钟定时，可使用采样时钟同步。这样就无需共享开始触发以及额外的RTSI/PXI线。在主时基设备和参考时钟设备混用的应用程序中，也可使用采样时钟同步。