参考时钟同步通过使用共同的参考信号，确保所有同步设备即使在不同速率下也能保持相位相对一致。

参考时钟同步功能可同步设备的定时，即使设备以不同的速率运行或属于不同的子系统。从参考时钟衍生的时钟在开始和运行中都能保持相位相对一致。衍生时钟的频率如慢于参考时钟，则不能保持相位相对一致。对于计数器操作，参考时钟同步确保以下几点：
  • 计数器时基保持同步，无漂移。
  • 如应用程序需要不同的计数器时基频率，计数器时基仍能保持相位相对一致。

使用参考时钟同步时，设备不直接使用其他设备的时钟作为板载时钟。所有设备都通过一个锁步循环将板载时钟同步为一个共有的参考信号。然后每个设备从同步时钟处获得衍生时钟。必须对衍生时钟共享开始触发，以确保同步。

对于PXI设备，参考信号通常在机箱背板上，频率为10 MHz的时钟(PXI_Clk10)。对于PXI Express设备，参考信号通常在机箱背板上，频率为100 MHz的时钟(PXI_Clk100)。

备注 如有可能，始终使用一个PXI或PXI Express机箱背板时钟。信号从一个设备传输到另一个设备需要一定时间，使用其他设备的时钟会引起偏度。

PXI设备或PXI Express设备的机箱背板时钟，其精度可能与设备自身的板载振荡器不同。例如，PXIe-1062Q背板提供25 ppm的时钟精度，PXI-6259设备提供的精度为50 ppm。

对于PCI和PCI Express设备，参考信号是来自其他设备的时钟（通常是10MHzRefClk）。使用参考时钟源属性指定任务参考信号的接线端。将参考时钟源设置为主设备上的板载时钟，绑定板载时钟，而不是直接时钟板载时钟。绑定至板载时钟有助于减少主设备和伺服设备之间的偏度。

参考时钟同步可最小化或消除时钟的偏移。但是，共享的开始触发信号必须从主设备传输到伺服设备，这会导致偏度。有些设备可纠正偏度。

部分设备使用主时基而非参考时钟，所以设备会使用主时基同步。参考时钟同步要求共享信号，并预留多条RTSI或PXI触发线用于这些信号。对于设备速率相同的采样时钟定时，可使用采样时钟同步。采样时钟同步无需共享开始触发，因此无需额外的RTSI/PXI线。在主时基设备和参考时钟设备混用的应用程序中，也可使用采样时钟同步。