在支持主时基同步的设备上，主时基同步是最灵活和强大的同步方法。该方法可同步设备上的所有时间，即使设备的速率和所在子网不同，只要衍生自主时基的时钟开始和保持相对相位一致。对于计数器操作，主时基同步保证了计数器时基保持同步，也就是即使应用程序要求使用不同的计数器时基频率，计数器时基的相位也保持相对一致。

使用主时基同步时，伺服设备将板载时基（主时基）替换为主设备的主时基。然后每个设备从同步时钟处获得衍生时钟。必须对衍生时钟共享开始触发，以确保同步。

备注 开始主设备上的任务之前必须先开始伺服设备上的任务。

必须设置伺服设备上的两个属性来同步主时基。使用伺服设备上的主时基源属性指定主时基接线端。伺服设备使用外部时基，还必须使用主时基频率属性指定主时基的速率。可查询主设备上主时基的频率和源，然后将伺服设备上的主时基设置为查询到的值。

因为时钟信号在设备间传输需要一定的时间，所以主时基同步会造成一定的偏度。

大多数设备使用参考时钟，而非主时基，所以设备会使用参考时钟同步。主时基同步要求共享信号，并预留多条RTSI或PXI触发线用于这些信号。对于设备速率相同的采样时钟定时，可使用采样时钟同步。这样就无需共享开始触发以及额外的RTSI/PXI线。在主时基设备和参考时钟设备混用的应用程序中，也可使用采样时钟同步。