일부 어플리케이션에서는 다른 동기화 방법으로 충분하지 않을 수도 있습니다. 그러한 경우에는 한 디바이스의 클럭을 상대 디바이스의 다른 클럭으로 사용하여 동기화를 할 수 있습니다. 예를 들어 X 시리즈와 E 시리즈 디바이스를 동기화하는 등, 참조 클럭을 사용하는 디바이스와 마스터 타임베이스를 사용하는 디바이스를 동기화하는 경우, 참조 클럭 동기화를 사용하되, X 시리즈 참조 클럭을 PXI 백플레인 클럭에 고정하는 대신 E 시리즈 디바이스의 마스터 타임베이스에 고정할 수 있습니다.

이러한 방법으로 클럭을 혼합하면 같은 클럭을 사용하는 것보다 훨씬 복잡한 경우가 많습니다. 지연, 활성 에지, 클럭 제수와 같은 다른 타이밍 파라미터를 수동으로 설정해야 할 수도 있습니다. 따라서 혼합 클럭 동기화는 다른 동기화 방법을 사용할 수 없을 경우에만 최후의 수단으로 사용해야 합니다.