アナログ入出力アプリケーションと同様に、指定なしタイミングを使用してカウンタ入力アプリケーションを同期することはできません。このようなタイプのカウンタ入力アプリケーションでは、測定のタイミングは測定される信号によって決定されるため、一斉に測定が実行されるようにプログラムすることはできません。また、複数デバイスで同じ信号を同時に測定する必要性は通常はありません。また、これらのアプリケーションでは開始トリガを使用することもできません。

ただし、すべてのカウンタの入力測定で共通のCIカウンタタイムベース信号を確実に使用することができます。このためには、すべてのデバイスが、CIカウンタタイムベースとして同じ信号 (通常はデバイスのうちいずれかの20MHzTimebase) を使用するようプログラムします。一般には、1つのデバイスのCIカウンタタイムベースソースをクエリし、その端子を他のデバイスのCIカウンタタイムベースソースとして設定することができます。

サンプリングクロックタイミングバッファ型カウンタ入力アプリケーションを同期するには、サンプリングクロックによる同期を使用します。サンプリングクロックは、デバイスの1つに外部供給する必要があります。その他の同期するデバイスは、サンプリングクロックとしてCtrnGate信号 (n はカウンタ数) を使用するようにプログラムします。

パルス生成カウンタ出力アプリケーションを同期するには、COカウンタタイムベースと開始トリガ信号を共有します。すべてのデバイスを、COカウンタタイムベースとして同じ信号 (通常はいずれかのデバイスの20MHzタイムベース) を使用するようプログラムします。一般には、1つのデバイスのCOカウンタタイムベースソースをクエリし、その端子を他のデバイスのCOカウンタタイムベースソースとして設定することができます。すべてのデバイスを、デジタルエッジ開始トリガとして同じ信号を使用するようプログラムします。これは、通常はいずれかのデバイスのCtrnGate信号 (n はカウンタ数) です。