Pour certaines applications, il se peut que les autres méthodes de synchronisation ne suffisent pas. Dans ce cas, vous pourrez peut-être effectuer une synchronisation en utilisant une horloge d'un périphérique comme horloge différente sur un autre périphérique. Par exemple, pour synchroniser des périphériques qui utilisent une horloge de référence avec des périphériques qui utilisent une base de temps maître, comme pour synchroniser des périphériques de la série X avec des périphériques de la série E, vous pouvez effectuer une synchronisation par horloge de référence, mais au lieu de verrouiller l'horloge de référence de la série X à l'horloge du fond de panier d'un châssis PXI, verrouillez-la à la base de temps maître du périphérique de la série E.

Associer des horloges de cette façon est souvent bien plus compliqué que d'utiliser les mêmes horloges. Vous devrez peut-être aussi configurer manuellement plusieurs autres paramètres de cadencement comme des délais, des fronts actifs ou des diviseurs d'horloges. N'utilisez la synchronisation par horloges mixtes qu'en dernier recours si les autres méthodes de synchronisation ne sont pas possibles.