アプリケーションの中には、他の同期方法だけでは十分でない可能性があるアプリケーションがあります。この場合、あるデバイスからのクロックを別のデバイスの異なるクロックとして使用すれば、同期を実現することができます。たとえば、基準クロックを使用するデバイスとマスタタイムベースを使用するデバイス (例: XシリーズデバイスとEシリーズデバイス) との同期をとるには、基準クロックによる同期を実行し、Xシリーズの基準クロックをPXIバックプレーンクロックではなくEシリーズデバイスのマスタタイムベースにロックします。

多くの場合、この方法でのクロックの混合は、同じクロックの使用よりもずっと複雑です。遅延、アクティブエッジ、またはクロック分周率などの他の複数のタイミングパラメータを手動で構成する必要がある場合があります。他の同期方法が有効でない場合の最後の手段として、混合クロックによる同期を使用してください。