对于一些应用程序，单一的同步方法可能不够。在这种情况下，实现同步需使用多个设备的时钟。例如，要将参考时钟的设备与使用主时基的设备进行同步（例如，将X系列设备与E系列设备同步），可进行参考时钟同步。将X系列参考时钟与E系列的主时基同步，而不是将X系列参考时钟与PXI的背板时钟同步。

混合时钟通常比使用一个时钟更为复杂。可能需要手动配置若干定时参数，例如，延迟、活动边沿和时钟分频数。只有当其他同步方法无法满足要求时，才建议使用混合时钟同步。