Un sous-système est le système de circuits (C A/N, C N/A, horloges, déclenchements, signaux et moteurs de cadencement, etc.) utilisé par un périphérique pour acquérir ou générer des échantillons. Sur les périphériques DAQ, il existe des sous-systèmes séparés pour les entrées analogiques, les sorties analogiques, chaque compteur et les E/S numériques. Cependant, un sous-système n'est pas synonyme de type d'E/S. Par exemple, chaque circuit d'entrée et de sortie de compteur représente un sous-système. Le bus de déclenchement peut aussi fonctionner comme sous-système.