Die bisher genannten Synchronisationsmethoden reichen möglicherweise nicht immer aus. In solchen Fällen können Sie möglicherweise ein Gerät mit dem Takt eines anderen Geräts versorgen. Referenztakt-Synchronisation gibt Ihnen beispielsweise die Möglichkeit zur Synchronisation von Geräten, von denen einige mit Referenztakt und andere mit Master-Zeitbasis arbeiten (z. B. Geräte der X-Serie mit Geräten der E-Serie). Statt einen PXI-Backplane-Takt an den Referenztakt anzupassen, können Sie auch den Referenztakt mit der Master-Zeitbasis der E-Serie synchronisieren.

Die Synchronisation unterschiedlicher Taktgeber ist häufig wesentlich komplizierter als Synchronisation über gemeinsame Taktgeber. Sie erfordert eine Vielzahl anderer Timing-Einstellungen wie "Verzögerung", "Aktive Flanke" oder "Taktfrequenzteiler". Die Synchronisation mit gemischtem Takt sollte daher nur gewählt werden, wenn die Synchronisation auf anderem Wege nicht möglich ist.